Taxonomie (biologie) - Taxonomy (biology)

Un Article De Wikipédia, L'Encyclopédie Libre

Pin
Send
Share
Send

Dans la biologie, taxonomie (de Le grec ancien τάξις (Taxis) 'arrangement', et -νομία (-nomie) 'méthode') est le scientifique étude de la dénomination, définition (circonscrire) et classer les groupes de organismes basé sur des caractéristiques communes. Les organismes sont regroupés en taxons (singulier: taxon) et ces groupes reçoivent un rang taxonomique; les groupes d'un rang donné peuvent être agrégés pour former un super-groupe de rang supérieur, créant ainsi une hiérarchie taxonomique. Les principaux rangs de l'utilisation moderne sont domaine, Royaume, phylum (la division est parfois utilisée en botanique à la place du phylum), classer, ordre, famille, genre, et espèce. Le botaniste suédois Carl Linnaeus est considéré comme le fondateur du système actuel de taxonomie, car il a développé un système connu sous le nom de Taxonomie linnéenne pour catégoriser les organismes et nomenclature binominale pour nommer les organismes.

Avec l'avènement de domaines d'études tels que phylogénétique, cladistique, et systématique, le système linnéen a évolué vers un système de classification biologique moderne basé sur le évolutionniste relations entre les organismes, vivants et éteints.

Définition

La définition exacte de la taxonomie varie d'une source à l'autre, mais le cœur de la discipline demeure: la conception, la dénomination et la classification de groupes d'organismes.[1] À titre de référence, les définitions récentes de la taxonomie sont présentées ci-dessous:

  1. Théorie et pratique consistant à regrouper les individus en espèces, à organiser les espèces en groupes plus grands et à donner des noms à ces groupes, produisant ainsi une classification.[2]
  2. Un domaine de la science (et une composante majeure de systématique) qui englobe la description, l'identification, la nomenclature et la classification[3]
  3. La science de la classification, en biologie la disposition des organismes dans une classification[4]
  4. "La science de la classification appliquée aux organismes vivants, y compris l'étude des moyens de formation des espèces, etc."[5]
  5. "L'analyse des caractéristiques d'un organisme à des fins de classification"[6]
  6. "Systématique études phylogénie pour fournir un modèle qui peut être traduit dans la classification et les noms du domaine plus inclusif de la taxonomie "(répertorié comme une définition souhaitable mais inhabituelle)[7]

Les définitions variées placent la taxonomie comme un sous-domaine de la systématique (définition 2), inversent cette relation (définition 6) ou semblent considérer les deux termes comme synonymes. Il y a un certain désaccord quant à savoir si nomenclature biologique est considérée comme une partie de la taxonomie (définitions 1 et 2), ou une partie de la systématique en dehors de la taxonomie.[8] Par exemple, la définition 6 est associée à la définition suivante de la systématique qui place la nomenclature en dehors de la taxonomie:[6]

  • Systématique: "L'étude de l'identification, la taxonomie et la nomenclature des organismes, y compris la classification des êtres vivants en ce qui concerne leurs relations naturelles et l'étude de la variation et de l'évolution des taxons".

Un ensemble de termes dont la taxonomie, biologie systématique, systématique, biosystématique, classification scientifique, classification biologique et phylogénétique ont parfois eu des significations qui se chevauchent - parfois les mêmes, parfois légèrement différentes, mais toujours liées et croisées.[1][9] Le sens le plus large de «taxonomie» est utilisé ici. Le terme lui-même a été introduit en 1813 par de Candolle, dans son Théorie élémentaire de la botanique.[10]

Monographie et révision taxonomique

UNE révision taxonomique ou revue taxonomique est une nouvelle analyse des modèles de variation dans un taxon. Cette analyse peut être exécutée sur la base de toute combinaison des divers types de caractères disponibles, tels que morphologiques, anatomiques, palynologiques, biochimiques et génétiques. UNE monographie ou révision complète est une révision complète pour un taxon pour les informations données à un moment donné et pour le monde entier. D'autres révisions (partielles) peuvent être limitées dans le sens où elles peuvent n'utiliser que certains des jeux de caractères disponibles ou avoir une portée spatiale limitée. Une révision entraîne une conformation ou de nouvelles informations sur les relations entre les sous-taxons au sein du taxon à l'étude, ce qui peut entraîner un changement dans la classification de ces sous-taxons, l'identification de nouveaux sous-taxons ou la fusion des sous-taxons précédents.[11]

Taxonomie alpha et bêta

Le terme "taxonomie alpha"est principalement utilisé aujourd'hui pour désigner la discipline consistant à trouver, décrire et nommer taxons, en particulier les espèces.[12] Dans la littérature antérieure, le terme avait une signification différente, se référant à la taxonomie morphologique et aux produits de la recherche jusqu'à la fin du 19e siècle.[13]

William Bertram Turrill a introduit le terme «taxonomie alpha» dans une série d'articles publiés en 1935 et 1937 dans lesquels il discutait de la philosophie et des orientations futures possibles de la discipline de la taxonomie.[14]

... il y a un désir croissant parmi les taxonomistes de considérer leurs problèmes d'un point de vue plus large, d'étudier les possibilités d'une coopération plus étroite avec leurs collègues cytologistes, écologiques et génétiques et de reconnaître qu'une révision ou une expansion, peut-être de nature drastique, de leurs buts et méthodes, peut être souhaitable ... Turrill (1935) a suggéré que tout en acceptant l'ancienne taxonomie inestimable, basée sur la structure, et commodément désignée «alpha», il est possible d'entrevoir une taxonomie lointaine construite sur comme une large base de faits morphologiques et physiologiques que possible, et dans laquelle «on trouve une place pour toutes les données d'observation et expérimentales relatives, même indirectement, à la constitution, la subdivision, l'origine et le comportement des espèces et autres groupes taxonomiques». On peut dire que les idéaux ne peuvent jamais être complètement réalisés. Ils ont, cependant, une grande valeur pour agir comme des stimulants permanents, et si nous avons un idéal, même vague, d'une taxonomie «oméga», nous pouvons progresser un peu dans l'alphabet grec. Certains d'entre nous se font plaisir en pensant que nous sommes en train de tâtonner dans une taxonomie "bêta".[14]

Turrill exclut donc explicitement de la taxonomie alpha divers domaines d'étude qu'il inclut dans la taxonomie dans son ensemble, tels que l'écologie, la physiologie, la génétique et la cytologie. Il exclut en outre la reconstruction phylogénétique de la taxonomie alpha (pp. 365–366).

Les auteurs ultérieurs ont utilisé le terme dans un sens différent, pour désigner la délimitation des espèces (et non des sous-espèces ou des taxons d'autres rangs), en utilisant toutes les techniques d'enquête disponibles, et y compris des techniques sophistiquées de calcul ou de laboratoire.[15][12] Ainsi, Ernst Mayr en 1968 défini "taxonomie bêta"comme la classification des rangs supérieurs aux espèces.[16]

Une compréhension de la signification biologique de la variation et de l'origine évolutive de groupes d'espèces apparentées est encore plus importante pour la deuxième étape de l'activité taxonomique, le tri des espèces en groupes de parents («taxons») et leur disposition dans une hiérarchie de catégories supérieures. Cette activité est ce que le terme classification désigne; elle est également appelée «taxonomie bêta».

Microtaxonomie et macrotaxonomie

La manière dont les espèces devraient être définies dans un groupe particulier d'organismes soulève des problèmes pratiques et théoriques que l'on appelle les problème d'espèce. Le travail scientifique consistant à décider comment définir les espèces a été appelé microtaxonomie.[17][18][12] Par extension, la macrotaxonomie est l'étude de groupes au plus haut rangs taxonomiques sous-genre et au-dessus.[12]

Histoire

Alors que certaines descriptions de l'histoire taxinomique tentent de dater la taxonomie des civilisations anciennes, une tentative véritablement scientifique de classer les organismes n'a eu lieu qu'au XVIIIe siècle. Les travaux antérieurs étaient principalement descriptifs et axés sur les plantes utiles en agriculture ou en médecine. Il y a un certain nombre d'étapes dans cette réflexion scientifique. La taxonomie primitive était basée sur des critères arbitraires, les soi-disant «systèmes artificiels», y compris le système de classification sexuelle de Linné. Plus tard sont venus des systèmes basés sur une considération plus complète des caractéristiques des taxons, appelés «systèmes naturels», tels que ceux de de Jussieu (1789), de Candolle (1813) et Bentham et Hooker (1862–1863). C'étaient des pré-évolutionniste en pensant. La publication de Charles Darwinde À propos de l'origine des espèces (1859) ont conduit à de nouvelles façons de penser la classification basée sur des relations évolutives. C'était le concept de phylétique systèmes, à partir de 1883. Cette approche a été caractérisée par celles de Eichler (1883) et Engler (1886–1892). L'avènement de génétique moléculaire et la méthodologie statistique a permis la création de l'ère moderne des «systèmes phylogénétiques» basés sur cladistique, plutôt que morphologie en solo.[19][page nécessaire][20][page nécessaire][21][page nécessaire]

Pré-linnéen

Les premiers taxonomistes

Nommer et classer notre environnement a probablement eu lieu aussi longtemps que l'humanité a pu communiquer. Il aurait toujours été important de connaître les noms des plantes et des animaux toxiques et comestibles afin de communiquer cette information aux autres membres de la famille ou du groupe. Des illustrations de plantes médicinales apparaissent dans les peintures murales égyptiennes de c. 1500 avant JC, indiquant que les utilisations des différentes espèces étaient comprises et qu'une taxonomie de base était en place.[22]

Les temps anciens

Description des animaux rares (写生 珍禽 图), par Dynastie de la chanson peintre Huang Quan (903–965)

Les organismes ont d'abord été classés par Aristote (Grèce, 384-322 avant JC) lors de son séjour sur le Île de Lesbos.[23][24][25] Il a classé les êtres par leurs parties, ou en termes modernes les attributs, comme avoir une naissance vivante, avoir quatre pattes, pondre des œufs, avoir du sang ou avoir le corps chaud.[26] Il a divisé tous les êtres vivants en deux groupes: les plantes et les animaux.[24] Certains de ses groupes d'animaux, tels que Anhaima (animaux sans sang, traduit par invertébrés) et Enhaima (animaux avec du sang, à peu près vertébrés), ainsi que des groupes comme le les requins et cétacés, sont encore couramment utilisés aujourd'hui.[27] Son élève Théophraste (Grèce, 370-285 av.J.-C.) perpétue cette tradition, mentionnant quelque 500 plantes et leurs utilisations dans son Historia Plantarum. Encore une fois, plusieurs groupes de plantes actuellement encore reconnus peuvent être retracés jusqu'à Theophrastus, tels que Cornus, Crocus, et Narcisse.[24]

Médiéval

Taxonomie dans le Moyen-âge était en grande partie basé sur le Système aristotélicien,[26] avec des ajouts concernant l'ordre philosophique et existentiel des créatures. Cela comprenait des concepts tels que le Grande chaîne d'être dans l'ouest scolaire tradition,[26] à nouveau dérivant finalement d'Aristote. Le système aristotélicien n'a pas classé les plantes ou les champignons, faute de microscope à l'époque,[25] car ses idées étaient basées sur l'organisation du monde complet en un seul continuum, selon le scala naturae (l'échelle naturelle).[24] Ceci, également, a été pris en considération dans la grande chaîne de l'être.[24] Des avancées ont été faites par des chercheurs tels que Procope, Timothéos de Gaza, Démétrios Pepagomenos, et Thomas d'Aquin. Les penseurs médiévaux utilisaient des catégorisations philosophiques et logiques abstraites plus adaptées à la philosophie abstraite qu'à la taxonomie pragmatique.[24]

Renaissance et début des temps modernes

Pendant le Renaissance, le L'âge de la raison, et les Lumières, la catégorisation des organismes est devenue plus répandue,[24]et les travaux taxonomiques sont devenus suffisamment ambitieux pour remplacer les textes anciens. Ceci est parfois attribué au développement de lentilles optiques sophistiquées, qui ont permis d'étudier la morphologie des organismes plus en détail. L'un des premiers auteurs à profiter de ce saut technologique a été le médecin italien Andrea Cesalpino (1519-1603), qui a été appelé "le premier taxonomiste".[28] Ses œuvre maîtresse De Plantis sortit en 1583 et décrivit plus de 1500 espèces végétales.[29][30] Deux grandes familles de plantes qu'il a reconnues pour la première fois sont toujours utilisées aujourd'hui: la Astéracées et Brassicacées.[31] Puis au 17ème siècle John Ray (Angleterre, 1627-1705) a écrit de nombreux ouvrages taxonomiques importants.[25] Son plus grand accomplissement a sans doute été Methodus Plantarum Nova (1682),[32] dans lequel il a publié des détails sur plus de 18 000 espèces végétales. À l'époque, ses classifications étaient peut-être les plus complexes encore produites par n'importe quel taxonomiste, car il fondait ses taxons sur de nombreux caractères combinés. Les prochains grands travaux taxonomiques ont été produits par Joseph Pitton de Tournefort (France, 1656-1708).[33] Son œuvre de 1700, Institutiones Rei Herbariae, comprenait plus de 9000 espèces dans 698 genres, ce qui a directement influencé Linné, car c'était le texte qu'il utilisait en tant que jeune étudiant.[22]

L'ère linnéenne

Page de titre de Systema Naturae, Leiden, 1735

Le botaniste suédois Carl Linnaeus (1707–1778)[26] a inauguré une nouvelle ère de taxonomie. Avec ses œuvres majeures Systema Naturae 1ère édition en 1735,[34] Espèce Plantarum en 1753,[35] et Systema Naturae 10e édition,[36] il a révolutionné la taxonomie moderne. Ses travaux ont mis en œuvre un système de dénomination binomiale standardisé pour les espèces animales et végétales,[37] qui s'est avérée être une solution élégante à une littérature taxonomique chaotique et désorganisée. Il a non seulement introduit la norme de classe, d'ordre, de genre et d'espèce, mais a également rendu possible l'identification des plantes et des animaux à partir de son livre, en utilisant les plus petites parties de la fleur.[37] Ainsi, le Système linnéen est né et est encore utilisé essentiellement de la même manière aujourd'hui qu'au 18e siècle.[37] Actuellement, les taxonomistes des plantes et des animaux considèrent le travail de Linné comme le "point de départ" des noms valides (en 1753 et 1758 respectivement).[38] Les noms publiés avant ces dates sont appelés "pré-linnéens" et ne sont pas considérés comme valides (à l'exception des araignées publiées dans Svenska Spindlar[39]). Même les noms taxonomiques publiés par Linné lui-même avant ces dates sont considérés comme pré-linnéens.[22]

Système de classification moderne

Évolution de la vertébrés au niveau de la classe, largeur des broches indiquant le nombre de familles. Les diagrammes de broche sont typiques pour taxonomie évolutive
La même relation, exprimée en cladogramme typique pour cladistique

Alors que Linné visait simplement à créer des taxons facilement identifiables, l'idée du Taxonomie linnéenne comme se traduisant par une sorte de dendrogramme de l'animal et de la plante royaumes a été formulé vers la fin du 18e siècle, bien avant À propos de l'origine des espèces a été publié.[25] Parmi les premiers travaux explorant l'idée d'un transmutation d'espèces étaient Erasmus Darwinde 1796 Zoönomia et Jean-Baptiste Lamarckde Philosophie Zoologique de 1809.[12] L'idée a été popularisée dans le monde anglophone par le spéculatif mais largement lu Vestiges de l'histoire naturelle de la création, publié anonymement par Robert Chambers en 1844.[40]

Avec la théorie de Darwin, une acceptation générale est rapidement apparue qu'une classification devrait refléter le principe darwinien de descente commune.[41] Arbre de la vie les représentations sont devenues populaires dans les travaux scientifiques, avec des groupes fossiles connus incorporés. L'un des premiers groupes modernes liés aux ancêtres fossiles a été des oiseaux.[42] En utilisant les fossiles de Archéoptéryx et Hesperornis, Thomas Henry Huxley a déclaré qu'ils avaient évolué à partir des dinosaures, un groupe officiellement nommé par Richard Owen en 1842.[43][44] La description qui en résulte, celle de dinosaures "donnant naissance" ou étant "les ancêtres" des "oiseaux, est la marque essentielle de taxonomique évolutive pensée. Alors que de plus en plus de groupes fossiles ont été découverts et reconnus à la fin du 19e et au début du 20e siècle, paléontologues s'est efforcé de comprendre l'histoire des animaux à travers les âges en reliant des groupes connus.[45] Avec le synthèse évolutive moderne du début des années 40, une compréhension essentiellement moderne de l'évolution des grands groupes était en place. Comme la taxonomie évolutive est basée sur les rangs taxonomiques linnéens, les deux termes sont largement interchangeables dans l'usage moderne.[46]

Le cladistique méthode est apparue depuis les années 1960.[41] En 1958, Julian Huxley utilisé le terme clade.[12] Plus tard, en 1960, Cain et Harrison ont introduit le terme cladistique.[12] Le trait saillant est l'organisation des taxons dans une hiérarchie arbre évolutif, ignorant les rangs.[41] Un taxon est dit monophylétique s'il comprend tous les descendants d'une forme ancestrale.[47][48] Les groupes dont les groupes descendants sont supprimés sont appelés paraphylétique,[47] tandis que les groupes représentant plus d'une branche de l'arbre de vie sont appelés polyphylétique.[47][48] Le Code international de nomenclature phylogénétique ou PhyloCode vise à réglementer la dénomination formelle des clades.[49][50] Les rangs linnéens seront facultatifs sous le PhyloCode, qui est destiné à coexister avec les codes actuels basés sur les rangs.[50]

Royaumes et domaines

Le schéma de base de la classification moderne. De nombreux autres niveaux peuvent être utilisés; domaine, le plus haut niveau de la vie, est à la fois nouveau et contesté.

Bien avant Linné, les plantes et les animaux étaient considérés comme des royaumes distincts.[51] Linnaeus a utilisé cela comme le premier rang, divisant le monde physique en règnes végétal, animal et minéral. Au fur et à mesure que les progrès de la microscopie rendaient possible la classification des micro-organismes, le nombre de règnes augmenta, les systèmes à cinq et six règnes étant les plus courants.

Domaines sont un groupe relativement nouveau. Proposé pour la première fois en 1977, Carl Woesede système à trois domaines n'a été généralement acceptée que plus tard.[52] Une caractéristique principale de la méthode à trois domaines est la séparation des Archée et Les bactéries, auparavant regroupés dans le seul royaume Bactéries (un royaume aussi parfois appelé Monera),[51] avec le Eukaryota pour tous les organismes dont les cellules contiennent un noyau.[53] Un petit nombre de scientifiques comprend un sixième royaume, Archaea, mais n'accepte pas la méthode du domaine.[51]

Thomas Cavalier-Smith, qui a publié de nombreux articles sur la classification des protistes, a récemment proposé que le Neomura, le clade qui regroupe les Archées et Eucarya, aurait évolué à partir de Bactéries, plus précisément à partir de Actinobactéries. Son classement de 2004 traitait le archéobactéries dans le cadre d'un sous-royaume des bactéries du royaume, c'est-à-dire qu'il a rejeté entièrement le système à trois domaines.[54] Stefan Luketa a proposé en 2012 un système à cinq «dominions», ajoutant Prionobiota (acellulaire et sans acide nucléique) et Virusobiota (acellulaire mais avec acide nucléique) aux trois domaines traditionnels.[55]

Linnaeus
1735[56]
Haeckel
1866[57]
Chatton
1925[58]
Copeland
1938[59]
Whittaker
1969[60]
Woese et coll.
1990[61]
Cavalier-Smith
1998[54]
Cavalier-Smith
2015[62]
2 royaumes3 royaumes2 empires4 royaumes5 royaumes3 domaines2 empires, 6 royaumes2 empires, 7 royaumes
(Non traité)ProtisteProkaryotaMoneraMoneraLes bactériesLes bactériesLes bactéries
ArchéeArchée
EukaryotaProtoctisteProtisteEucaryaProtozoairesProtozoaires
ChromistaChromista
VegetabiliaPlantaePlantaePlantaePlantaePlantae
ChampignonsChampignonsChampignons
AnimaliaAnimaliaAnimaliaAnimaliaAnimaliaAnimalia

Classifications complètes récentes

Des classifications partielles existent pour de nombreux groupes individuels d'organismes et sont révisées et remplacées à mesure que de nouvelles informations deviennent disponibles; cependant, les traitements complets et publiés de la plupart ou de la totalité de la vie sont plus rares; des exemples récents sont ceux d'Adl et al., 2012 et 2019,[63][64] qui couvre les eucaryotes uniquement en mettant l'accent sur les protistes, et Ruggiero et al., 2015,[65] couvrant à la fois les eucaryotes et procaryotes au rang de l'Ordre, bien que les deux excluent les représentants fossiles.[65] Une compilation séparée (Ruggiero, 2014)[66] couvre les taxons existants au rang de famille. D'autres traitements basés sur des bases de données comprennent Encyclopédie de la vie, le Centre d'information sur la biodiversité mondiale, le Base de données de taxonomie NCBI, le Registre provisoire des genres marins et non marins, le Ouvrir l'arbre de vie, et le Catalogue de la vie. Le Base de données sur la paléobiologie est une ressource pour les fossiles.

Application

La taxonomie biologique est une sous-discipline de la biologie, et est généralement pratiqué par des biologistes connus sous le nom de «taxonomistes», bien que passionnés naturalistes sont également fréquemment impliqués dans la publication de nouveaux taxons.[67] Parce que la taxonomie vise à décrire et organiser la vie, les travaux menés par les taxonomistes sont essentiels pour l'étude des la biodiversité et le champ résultant de biologie de la conservation.[68][69]

Classification des organismes

La classification biologique est une composante essentielle du processus taxinomique. En conséquence, il informe l'utilisateur de ce que les parents du taxon sont supposés être. La classification biologique utilise des classements taxonomiques, y compris entre autres (dans l'ordre du plus inclusif au moins inclusif): Domaine, Royaume, Phylum, Classer, Commander, Famille, Genre, Espèce, et Souche.[70][note 1]

Descriptions taxonomiques

La «définition» d'un taxon est encapsulée par sa description ou son diagnostic ou par les deux combinés. Il n'y a pas de règles fixes régissant la définition des taxons, mais la dénomination et la publication des nouveaux taxons sont régies par des ensembles de règles.[8] Dans zoologie, le nomenclature pour les rangs les plus couramment utilisés (superfamille à sous-espèce), est réglementé par la Code international de nomenclature zoologique (Code ICZN).[71] Dans les domaines de phycologie, mycologie, et botanique, la dénomination des taxons est régie par la Code international de nomenclature pour les algues, les champignons et les plantes (ICN).[72]

La description initiale d'un taxon implique cinq exigences principales:[73]

  1. Le taxon doit recevoir un nom basé sur les 26 lettres de l'alphabet latin (un binôme pour les nouvelles espèces, ou uninomial pour les autres rangs).
  2. Le nom doit être unique (c'est-à-dire pas un homonyme).
  3. La description doit être basée sur au moins un nom portant taper spécimen.
  4. Il doit inclure des déclarations sur les attributs appropriés, soit pour décrire (définir) le taxon, soit pour le différencier des autres taxons (le diagnostic, Code ICZN, Article 13.1.1, ICN, Article 38). Les deux codes se séparent délibérément en définissant le contenu d'un taxon (son circonscription) de définir son nom.
  5. Ces quatre premières exigences doivent être publiées dans un ouvrage qui peut être obtenu en de nombreux exemplaires identiques, en tant que dossier scientifique permanent.

Cependant, souvent beaucoup plus d'informations sont incluses, comme la gamme géographique du taxon, les notes écologiques, la chimie, le comportement, etc. La façon dont les chercheurs arrivent à leurs taxons varie: en fonction des données disponibles et des ressources, les méthodes varient du simple quantitatif ou qualitatif des comparaisons de caractéristiques frappantes, pour élaborer des analyses informatiques de grandes quantités de Séquence ADN Les données.[74]

Citation de l'auteur

Une «autorité» peut être placée après un nom scientifique.[75] L'autorité est le nom du ou des scientifiques qui ont valablement publié le nom pour la première fois.[75] Par exemple, en 1758, Linné a donné le Éléphant d'Asie le nom scientifique Elephas maximus, donc le nom s'écrit parfois "Elephas maximus Linnaeus, 1758 ".[76] Les noms des auteurs sont fréquemment abrégés: l'abréviation L., pour Linnaeus, est couramment utilisé. En botanique, il existe en fait une liste réglementée d'abréviations standard (voir liste des botanistes par abréviation d'auteur).[77] Le système d'attribution des pouvoirs diffère légèrement entre botanique et zoologie.[8] Cependant, il est normal que si le genre d'une espèce a été modifié depuis la description originale, le nom de l'autorité d'origine est placé entre parenthèses.[78]

Phénétique

En phénétique, également connue sous le nom de taximétrie, ou taxonomie numérique, les organismes sont classés en fonction de leur similitude globale, indépendamment de leur phylogénie ou de leurs relations évolutives.[12] Il en résulte une mesure de la «distance» évolutive entre les taxons. Les méthodes phénétiques sont devenues relativement rares à l'époque moderne, largement remplacées par les analyses cladistiques, car les méthodes phénétiques ne distinguent pas les ancêtres communs (ou plésiomorphe) de nouveaux traits communs (ou apomorphes).[79] Cependant, certaines méthodes phénétiques, telles que voisin se joignant, ont trouvé leur place dans la cladistique, comme une approximation raisonnable de la phylogénie lorsque des méthodes plus avancées (telles que Inférence bayésienne) sont trop coûteux en calcul.[80]

Bases de données

Utilisations de la taxonomie moderne base de données technologies pour rechercher et cataloguer les classifications et leur documentation.[81] Bien qu'il n'y ait pas de base de données couramment utilisée, il existe des bases de données complètes telles que Catalogue de la vie, qui tente de répertorier toutes les espèces documentées.[82] Le catalogue a répertorié 1,64 million d'espèces pour tous les royaumes en avril 2016, affirmant une couverture de plus des trois quarts des espèces estimées connues de la science moderne.[83]

Voir également

Remarques

  1. ^ Ce système de classement peut être rappelé par le mnémonique «Les rois jouent-ils aux échecs sur des ensembles de verre fin?

Les références

  1. ^ une b Wilkins, J.S. (5 février 2011). "Qu'est-ce que la systématique et qu'est-ce que la taxonomie?". Archivé de l'original le 27 août 2016. Récupéré 21 août 2016.
  2. ^ Judd, W.S .; Campbell, C.S .; Kellogg, E.A .; Stevens, P.F .; Donoghue, M.J. (2007). "Taxonomie". Systématique végétale: une approche phylogénétique (3e éd.). Sunderland: Sinauer Associates.
  3. ^ Simpson, Michael G. (2010). "Chapitre 1 Plant Systematics: un aperçu". Systématique végétale (2e éd.). Presse académique. ISBN 978-0-12-374380-0.
  4. ^ Kirk, P.M., Cannon, P.F., Minter, D.W., Stalpers, J.A. eds. (2008) «Taxonomie». Dans Dictionnaire des champignons, 10e édition. CABI, Pays-Bas.
  5. ^ Walker, P.M.B., éd. (1988). Le dictionnaire Wordsworth de la science et de la technologie. W.R. Chambers Ltd. et Cambridge University Press.
  6. ^ une b Lawrence, E. (2005). Dictionnaire de biologie de Henderson. Pearson / Prentice Hall. ISBN 978-0-13-127384-9.
  7. ^ Wheeler, Quentin D. (2004). "Le triage taxonomique et la pauvreté de la phylogénie". Dans H.C.J. Godfray et S. Knapp (éd.). Taxonomie pour le XXIe siècle. Transactions philosophiques de la Royal Society. 359. 571-583. est ce que je:10.1098 / rstb.2003.1452. PMC 1693342. PMID 15253345.
  8. ^ une b c "Nomenclature, noms et taxonomie". Herbier Intermountain - USU. 2005. Archivé de l'original le 23 novembre 2016.
  9. ^ Petit, Ernest (1989). "La systématique de la systématique biologique (ou, la taxonomie de la taxonomie)". Taxon. 38 (3): 335–356. est ce que je:10.2307/1222265. JSTOR 1222265.
  10. ^ Singh, Gurcharan (2004). Systématique végétale: une approche intégrée. Éditeurs scientifiques. p. 20. ISBN 978-1-57808-351-0 - via Google Livres.
  11. ^ Maxted, Nigel (1992). "Vers la définition d'une méthodologie de révision taxonomique". Taxon. 41 (4): 653–660. est ce que je:10.2307/1222391. JSTOR 1222391.
  12. ^ une b c e F g h "Taxonomie: signification, niveaux, périodes et rôle". Discussion sur la biologie. 27 mai 2016. Archivé de l'original le 5 avril 2017.[source peu fiable?]
  13. ^ Rosselló-Mora, Ramon; Amann, Rudolf (1er janvier 2001). "Le concept d'espèce pour les procaryotes". Avis sur FEMS Microbiology. 25 (1): 39–67. est ce que je:10.1111 / j.1574-6976.2001.tb00571.x. ISSN 1574-6976. PMID 11152940.
  14. ^ une b Turrill, W.B. (1938). "L'expansion de la taxonomie avec une référence spéciale à la spermatophyte". Examens biologiques. 13 (4): 342–373. est ce que je:10.1111 / j.1469-185X.1938.tb00522.x. S2CID 84905335.
  15. ^ Steyskal, G.C. (1965). "Courbes de tendance du taux de description des espèces en zoologie". Science. 149 (3686): 880–882. Bibcode:1965Sci ... 149..880S. est ce que je:10.1126 / science.149.3686.880. PMID 17737388. S2CID 36277653.
  16. ^ Mayr, Ernst (9 février 1968), "Le rôle de la systématique en biologie: l'étude de tous les aspects de la diversité de la vie est l'une des préoccupations les plus importantes de la biologie", Science, 159 (3815): 595–599, Bibcode:1968 Sci ... 159..595M, est ce que je:10.1126 / science.159.3815.595, PMID 4886900
  17. ^ Mayr, Ernst (1982). "Chapitre 6: Microtaxonomie, la science des espèces". La croissance de la pensée biologique: diversité, évolution et héritage. Belknap Press de Harvard University Press. ISBN 978-0-674-36446-2.
  18. ^ "Résultat de votre requête". www.biological-concepts.com. Archivé de l'original le 5 avril 2017.
  19. ^ Datta 1988.
  20. ^ Stace 1989.
  21. ^ Stuessy 2009.
  22. ^ une b c Manktelow, M. (2010) Histoire de la taxonomie Archivé 29 mai 2015 à la Machine de retour. Conférence du Département de biologie systématique, Université d'Uppsala.
  23. ^ Mayr, E. (1982) La croissance de la pensée biologique. Belknap P. de Harvard U.P., Cambridge (Mass.)
  24. ^ une b c e F g "Palaeos: Taxonomie". palaeos.com. Archivé de l'original le 31 mars 2017.
  25. ^ une b c "taxonomie | biologie". Encyclopédie Britannica. Archivé de l'original le 5 avril 2017.
  26. ^ une b c «Biologie 101, Ch 20». www.cbs.dtu.dk. 23 mars 1998. Archivé de l'original du 28 juin 2017.
  27. ^ Leroi, Armand Marie (2014). La lagune: comment Aristote a inventé la science. Bloomsbury. 384–395. ISBN 978-1-4088-3622-4.
  28. ^ "Andrea Cesalpino | médecin, philosophe et botaniste italien". Encyclopédie Britannica. Archivé de l'original le 5 avril 2017.
  29. ^ Cesalpino, Andrea; Marescotti, Giorgio (1583). De plantis libri XVI. Florence: Apud Georgium Marescottum - via Internet Archive.
  30. ^ "Andrea Cesalpino | médecin, philosophe et botaniste italien". Encyclopédie Britannica. Archivé de l'original le 5 avril 2017.
  31. ^ Jaime, Prohens (2010). International Edition Vegetables I: Asteraceae, Brassicaceae, Chenopodicaceae, and Cucurbitaceae (Handbook of Plant Breeding). ISBN 978-1-4419-2474-2.
  32. ^ John, Ray (1682). "Methodus plantarum nova". impensis Henrici Faithorne et Joannis Kersey, ad insigne Rofæ Coemeterio D. Pauli. Archivé de l'original du 29 septembre 2017. Citer le journal nécessite | journal = (aider)
  33. ^ "Joseph Pitton de Tournefort | Botaniste et médecin français". Encyclopédie Britannica. Archivé de l'original le 5 avril 2017.
  34. ^ Linnaeus, C. (1735) Systema naturae, sive regna tria naturae systematice proposita par classes, ordines, genres et espèces. Haak, Leiden
  35. ^ Linnaeus, C. (1753) Espèce Plantarum. Stockholm, Suède.
  36. ^ Linnaeus, C. (1758) Systema naturae, sive regna tria naturae systematice proposita par classes, ordines, genres et espèces, 10e édition. Haak, Leiden
  37. ^ une b c "taxonomie - Le système linnéen | biologie". Encyclopédie Britannica. Archivé de l'original le 5 avril 2017.
  38. ^ Donk, M.A. (décembre 1957). "Typification et points de départ ultérieurs" (PDF). Taxon. 6 (9): 245–256. est ce que je:10.2307/1217493. JSTOR 1217493. Archivé (PDF) à partir de l'original du 18 mai 2015.
  39. ^ Carl, clerck; Carl, Bergquist; Eric, Borg; L., Gottman; Lars, Salvius (1757). "Svenska spindlar". Literis Laur. Salvii. Archivé de l'original le 1er décembre 2017. Citer le journal nécessite | journal = (aider)
  40. ^ Secord, James A. (2000). Victorian Sensation: la publication extraordinaire, la réception et la paternité secrète des vestiges de l'histoire naturelle de la création. Presse de l'Université de Chicago. ISBN 978-0-226-74410-0. Archivé de l'original le 16 mai 2008.
  41. ^ une b c "taxonomie - Classification depuis Linné | biologie". Encyclopédie Britannica. Archivé de l'original le 5 avril 2017.
  42. ^ "Le fossile du premier oiseau moderne du monde pourrait nous aider à comprendre l'extinction des dinosaures". Archivé de l'original le 5 avril 2017.[meilleure source nécessaire]
  43. ^ Huxley, T.H. (1876): Conférences sur l'évolution. New York Tribune. Supplémentaire. non. 36. Dans Collected Essays IV: p. 46-138 texte original avec chiffres Archivé 28 juin 2011 à la Machine de retour
  44. ^ "Thomas Henry Huxley | biologiste britannique". Encyclopédie Britannica. Archivé de l'original du 6 février 2018.
  45. ^ Rudwick, M.J.S. (1985). La signification des fossiles: épisodes de l'histoire de la paléontologie. Presses de l'Université de Chicago. p. 24. ISBN 978-0-226-73103-2.
  46. ^ Paterlini, Marta (septembre 2007). "Il y aura de l'ordre. L'héritage de Linné à l'ère de la biologie moléculaire". Rapports EMBO. 8 (9): 814–816. est ce que je:10.1038 / sj.embor.7401061. PMC 1973966. PMID 17767191.
  47. ^ une b c Taylor, Mike. "Que signifient des termes comme monophylétique, paraphylétique et polyphylétique?". www.miketaylor.org.uk. Archivé de l'original du 1er août 2010.
  48. ^ une b «Polyphylétique vs monophylétique». ncse.com. Archivé de l'original le 5 avril 2017.
  49. ^ Queiroz, Philip D. Cantino, Kevin de. "Le PhyloCode". www.ohio.edu. Archivé de l'original le 10 mai 2016.
  50. ^ une b "PhyloCode: Concept, histoire et avantages | Taxonomie". Discussion sur la biologie. 12 juillet 2016. Archivé de l'original le 5 avril 2017.[source peu fiable?]
  51. ^ une b c "Classification du royaume des organismes vivants". Discussion sur la biologie. 2 décembre 2014. Archivé de l'original le 5 avril 2017.[source peu fiable?]
  52. ^ "Carl Woese | Institut Carl R. Woese pour la biologie génomique". www.igb.Illinois.edu. Archivé de l'original le 28 avril 2017.
  53. ^ Cracraft, Joel et Donaghue, Michael J. (éd.) (2004). Assembler l'Arbre de Vie. Oxford, Angleterre: Oxford University Press. ISBN 0-19-517234-5. 45, 78, 555
  54. ^ une b Cavalier-Smith, T. (1998). "Un système de vie révisé à six royaumes". Examens biologiques. 73 (03): 203–66. est ce que je:10.1111 / j.1469-185X.1998.tb00030.x. PMID 9809012.
  55. ^ Luketa, S. (2012). "Nouvelles vues sur la mégaclassification de la vie" (PDF). Protistologie. 7 (4): 218–237. Archivé (PDF) de l'original du 2 avril 2015.
  56. ^ Linnaeus, C. (1735). Systemae Naturae, sive regna tria naturae, systematics proposita par classes, ordines, genres et espèces.
  57. ^ Haeckel, E. (1866). Generelle Morphologie der Organismen. Reimer, Berlin.
  58. ^ Chatton, É. (1925). "Pansporella perplexa. Réflexions sur la biologie et la phylogénie des protozoaires ". Annales des Sciences Naturelles - Zoologie et Biologie Animale. 10-VII: 1–84.
  59. ^ Copeland, H. (1938). "Les royaumes des organismes". Revue trimestrielle de biologie. 13: 383–420. est ce que je:10.1086/394568.
  60. ^ Whittaker, R. H. (janvier 1969). "Nouveaux concepts de règnes d'organismes". Science. 163 (3863): 150–60. Bibcode:1969Sci ... 163..150W. est ce que je:10.1126 / science.163.3863.150. PMID 5762760.
  61. ^ Woese, C.; Kandler, O .; Wheelis, M. (1990). "Vers un système naturel d'organismes: proposition pour les domaines Archaea, Bacteria et Eucarya". Actes de l'Académie nationale des sciences des États-Unis d'Amérique. 87 (12): 4576–9. Bibcode:1990PNAS ... 87.4576W. est ce que je:10.1073 / pnas.87.12.4576. PMC 54159. PMID 2112744.
  62. ^ Ruggiero, Michael A .; Gordon, Dennis P .; Orrell, Thomas M .; Bailly, Nicolas; Bourgoin, Thierry; Brusca, Richard C .; Cavalier-Smith, Thomas; Guiry, Michael D .; Kirk, Paul M .; Thuesen, Erik V. (2015). "Une classification de niveau supérieur de tous les organismes vivants". PLOS ONE. 10 (4): e0119248. Bibcode:2015PLoSO..1019248R. est ce que je:10.1371 / journal.pone.0119248. PMC 4418965. PMID 25923521.
  63. ^ Adl, S.M .; Simpson, A.G.B .; Lane, C.E .; Lukeš, J .; Bass, D .; Bowser, S.S .; et coll. (Décembre 2015). "La classification révisée des eucaryotes". Journal de microbiologie eucaryote. 59 (5): 429–493. est ce que je:10.1111 / j.1550-7408.2012.00644.x. PMC 3483872. PMID 23020233.
  64. ^ Adl, S.M .; Bass, D .; Lane, C.E .; Lukeš, J .; Schoch, C.L .; Smirnov, A .; et coll. (2019). "Révisions de la classification, de la nomenclature et de la diversité des eucaryotes". Journal de microbiologie eucaryote. 66 (1): 4–119. est ce que je:10.1111 / jeu.12691. PMC 6492006. PMID 30257078.
  65. ^ une b Ruggiero, M.A .; Gordon, D.P .; Orrell, T.M .; Bailly, N.; Bourgoin, T .; Brusca, R.C .; et coll. (2015). "Une classification de niveau supérieur de tous les organismes vivants". PLOS ONE. 10 (4): e0119248. Bibcode:2015PLoSO..1019248R. est ce que je:10.1371 / journal.pone.0119248. PMC 4418965. PMID 25923521.
  66. ^ Ruggiero, Michael A. (2014). Familles de tous les organismes vivants, version 2.0.a.15, (26/04/14). Expert Solutions International, LLC, Reston, VA. 420 pp. Données incluses disponibles pour téléchargement via https://www.gbif.org/dataset/8067e0a2-a26d-4831-8a1e-21b9118a299c (doi: 10.15468 / tfp6yv)
  67. ^ "Quelques mauvais scientifiques menacent de renverser la taxonomie". Smithsonian. Récupéré 24 février 2019.
  68. ^ "Qu'est-ce que la taxonomie?". Londres: Musée d'histoire naturelle. Archivé de l'original le 1er octobre 2013. Récupéré 23 décembre 2017.
  69. ^ McNeely, Jeffrey A. (2002). "Le rôle de la taxonomie dans la conservation de la biodiversité" (PDF). J. Nat. Conserv. 10 (3): 145–153. est ce que je:10.1078/1617-1381-00015. S2CID 16953722. Archivé (PDF) à partir de l'original du 24 décembre 2017 - via Semantic Scholar.
  70. ^ "Taxonomie / biologie mnémotechniques: ordre de classe de phylum du royaume ..." Archivé de l'original du 6 juin 2017.
  71. ^ "Code ICZN". www.animalbase.uni-goettingen.de.
  72. ^ "Code international de nomenclature pour les algues, les champignons et les plantes". Association internationale pour la taxonomie végétale. Archivé de l'original du 11 janvier 2013.
  73. ^ "Comment puis-je décrire de nouvelles espèces?". Commission internationale de nomenclature zoologique. Archivé de l'original le 6 mars 2012. Récupéré 21 mai 2020.
  74. ^ "Taxonomie - Évaluation des caractères taxonomiques". Encyclopædia Britannica. Archivé à partir de l'original du 22 avril 2019.
  75. ^ une b "Conseil d'édition: Noms scientifiques des espèces | AJE | Experts de l'American Journal". www.aje.com. Archivé de l'original du 9 avril 2017.
  76. ^ "Carolus Linnaeus: Classification, taxonomie et contributions à la biologie - Transcription de la vidéo et de la leçon | Study.com". Study.com. Archivé de l'original du 9 avril 2017.
  77. ^ Biocyclopedia.com. "Classification biologique". www.biocyclopedia.com. Archivé de l'original le 14 mai 2017.
  78. ^ "Nomenclature zoologique: un guide de base pour les auteurs non taxonomistes". Annelida.net. Archivé de l'original du 16 mars 2017.
  79. ^ "Classification". Université d'État de Caroline du Nord. Archivé de l'original le 14 avril 2017. Récupéré 27 avril 2017.
  80. ^ McDonald, David (automne 2008). "Glossaire des marqueurs moléculaires". Université du Wyoming. Archivé de l'original du 10 juin 2007.
  81. ^ Bois, Dylan; King, Margaret; Landis, Drew; Courtney, William; Wang, Runtang; Kelly, Ross; Turner, Jessica A .; Calhoun, Vince D. (26 août 2014). "Exploiter la technologie des applications Web modernes pour créer des outils de visualisation et de partage de données intuitifs et efficaces". Frontières en neuroinformatique. 8: 71. est ce que je:10.3389 / fninf.2014.00071. ISSN 1662-5196. PMC 4144441. PMID 25206330.
  82. ^ "À propos - La liste des plantes". www.theplantlist.org.
  83. ^ "À propos du catalogue de la vie: liste de contrôle annuelle 2016". Catalogue de la vie. Système d'information taxonomique intégré (IL EST). Archivé de l'original le 15 mai 2016. Récupéré 22 mai 2016.

Bibliographie

Liens externes

Pin
Send
Share
Send